一篇自然科學小論文的寫作，大致分為選擇題目、搜集材料、提煉觀點、安排結構、起草修改這樣幾個步驟。
選擇題目的時候，
首先要重視科學性的原則，不能選擇違背自然規律的課題。同時要注意結合自己的特長，選擇感興趣的題目。研究的題目要有一定的新意，盡可能從別人尚未發現、尚未研究、尚未重視的方面去考慮選題，尤其要結合自己在觀察、實驗、調查、考察、制作和學習、鉆研中所得到的新發現、新成果、新認識、新體會去選擇題目。題目還應當確定得小一些，這樣研究范圍和研究角度就會有所限制，題目一大，寫的時候容易面面俱到，泛泛而談，很難深入到問題的實質。例如，對中學生來說，選擇“論數學解題思路”“試論物理競賽試題的命題原則”“氧氣制作法新探”“利用植物監測大氣污染的綜合考察”這樣的題目，就不如選擇“從一道數學試題談解題思路”“關于一道物理競賽題命題條件的商討”“一種簡易的氧氣制作方法”“利用苔蘚監測大氣污染”。后面這些選題，縮小了問題的范圍，專門研究某一個“點”，容易把握，寫深寫好的可能性就比較大。
搜集材料
首先要注意材料的準確性，必須核實觀察、實驗、調查、考察所得到的事實、數據，核實查閱報刊書籍、科技文獻所得到的資料、例證，以免材料出現差錯而影響論文的科學性。還要注意材料的新鮮性，盡力搜集自己所能發現的同研究題目有關的新的第一手材料。此外，掌握材料應力求全面，要根據題目所確定的研究對象和范圍，搜集盡可能多的材料。材料太少，沒有選擇的余地，寫出來的論文就缺乏說服力。
提煉觀點，
就是對材料進行分析、比較、概括后提出自己的看法。可以是對觀察、實驗中新發現、新創造的歸納總結，也可以是對調查、考察中發現的新情況、新問題的分析論述，還可以是在某門學科學習、鉆研過程中形成的創造性見解。當搜集材料的工作進行到一定階段，要對已經積累的材料加以分類比較，仔細篩選，實事求是地進行分析、歸納，找出具有規律性的共同點，形成正確的合乎科學性的觀點。有時還需要繼續搜集新的材料，以更好地提煉觀點。觀點的表述，要精確、清晰、簡練，不能含糊費解。
安排結構，
應當針對不同類型的科學小論文靈活掌握。常見的小論文，一般由三個部分組成。開頭部分(或稱“引言”)，提出問題，或緊扣題目對全文內容作一概括介紹。主體部分，分析問題，說明有關的觀察、實驗、調查、考察、制作、設想等情況，為歸納科學的結論作準備;結尾部分(或稱“結論”)，解決問題，作出結論。小論文的結構當然不必都是“總—分—總”的格式。先分層論述、說明有關情況，后總結觀點的“先分后總”結構，以及先總說觀點，后分層論述、說明的“先總后分”結構，也是比較常見的。結構是為恰當地組織材料、鮮明地提出觀點服務的，無論怎樣安排，都應當注意條理清楚，觀點與材料一致，反映出科學論證的過程，使論文具有說服力，為了使結構合理，擬個詳細提綱是很有必要的。
如果搜集的材料相當豐富，不妨多花一點時間寫一篇比較完備的科學小論文。這樣的論文，一般由以下部分組成：標題;摘要(或“內容提要”);緒論(引言);工作方法(觀察、實驗、調查、考察等的安排、步驟);結果;分析與討論;結論。有的論文篇末還需要附上參考文獻(或“參考書目”)和附錄(或“附件”)。
起草修改，
按照提綱寫出初稿并修改，不僅是細致的語言表達工作，而且是研究深入化和思維周密化的過程，要力求準確和嚴密。跟寫一般的說明文、議論文相比，科學小論文寫作中的表述和修改顯得更為重要。因為科學研究活動是十分復雜精細的，反映科研的過程和成果不能粗心大意。要認真起草，認真琢磨，反復修改，一絲不茍。對觀點是否正確、可靠，材料是否恰當、翔實，結構是否合理、周密，觀點和材料是否統一，數據和引文是否準確，語言是否準確、簡明、連貫、規范，圖、表是否清晰、適用，都應花力氣仔細檢查，仔細推敲。
從選擇題目到論文定稿的全過程中，要多征求教師、同學和有關的科技人員的意見，集思廣益，提高科學小論文的質量。